Η κλινική και επιστημονική δραστηριότητα της Μελπομένης Πέππα καλύπτει βασικά πεδία της σύγχρονης Ενδοκρινολογίας, με έμφαση στη διάγνωση, παρακολούθηση και αντιμετώπιση νοσημάτων που αφορούν τον θυρεοειδή, τον σακχαρώδη διαβήτη, την παχυσαρκία και το μεταβολικό σύνδρομο, τις μεταβολικές παθήσεις των οστών, καθώς και παθήσεις της υπόφυσης, του υποθαλάμου και των επινεφριδίων. Παράλληλα, ιδιαίτερο ενδιαφέρον υπάρχει στις ενδοκρινικές διαταραχές που σχετίζονται με την κύηση και την αναπαραγωγή.