Η κλινική και επιστημονική δραστηριότητα της Μελπομένης Πέππα καλύπτει βασικά πεδία όλου του φάσματος της Ενδοκρινολογίας, με έμφαση στη διάγνωση, παρακολούθηση και αντιμετώπιση νοσημάτων που αφορούν τον θυρεοειδή, τον σακχαρώδη διαβήτη, την παχυσαρκία και το μεταβολικό σύνδρομο, την οστεοπόρωση και τα μεταβολικά νοσήματα των οστών, παθήσεις της υπόφυσης, του υποθαλάμου και των επινεφριδίων. Παράλληλα, ιδιαίτερο ενδιαφέρον υπάρχει στις ενδοκρινικές διαταραχές που σχετίζονται με την κύηση και την αναπαραγωγή, τις ενδοκρινικές μεταβολές στην μετάβαση από την παιδική ηλικία στην ενήλικη ζωή, τις ενδοκρινολογικές επιπτώσεις του καρκίνου και των θεραπειών του.